随着农业的不断发展，秸秆的处理方式也在不断的变化，传统的方式是焚烧秸秆，焚烧秸秆可以增加肥效且下茬玉米等作物时没有虫害。
但是，秸秆焚烧时容易引燃周围的易燃物，一旦造成火灾，可就得不偿失了。且焚烧秸秆时空气中都是黑压压的一片，长此以往的话，会造成雾霾，而雾霾对我们人类的身体健康危害特别的大。
近几年，随着秸秆还田越来越普遍，新的问题又出现了。
秸秆还田的优点
增加土壤肥力据测定，土壤有机物质含量增加。
改良土壤结构在微生物的作用下,秸秆腐烂后与土壤颗粒形成良好的团粒结构,使土壤疏松。提高了土壤的渗水率,可有效的防止暴雨侵蚀和水土流失。
试验证明,秸秆还田的土壤无龟裂,无板结,土壤含水量增加2%一10%,改善了土壤生态环境,适于耕作和农作物的生长发育。
促进土壤微生物的活动,秸秆还田为微生物提供了丰富的碳源和能量,从而使微生物数量增加,活动增强。好气性纤维分解菌增加262 .7%,细菌、放线菌、固氮菌分别增加507%,47.0%,19,2%
微生物活动的加强,加速有机质的分解和养分的释放,土壤微生物的增加，不仅能够增加分解有机物和矿物质的分解速度。还能起到固氮作用以及调节植物生长和防治土传病虫害。
秸秆还田的缺点
病虫害增加
秸秆中含有大量的幼虫，且在粉碎过程中很难杀灭。秸秆还田时，幼虫又会被带到土壤中。
借着来年翻土的机会，幼虫会慢慢长大，成为作物保产增产的一种隐患，甚至还会导致作物大幅减产。
降解周期长
还田的秸秆一般留在土壤表层，难以深入地下，且需很长时间才能降解，播种时还会阻挡播种机下种，致使播种不均匀。另外秸秆还田后，土壤过于松软，难以控制播种的深度，会造成出苗不齐、阻挡种子出苗等现象。
粉尘污染加重
秸秆还田在一定程度上会减少空气污染，但是秸秆在粉碎过程中会产生大量粉尘，漂浮在空气中。随着风力传播，粉尘就会变成另外一种空气污染，降低环境质量。
秸秆还田虽有利，但其弊端也越来越多，随着农业的发展，以及专家们及农民对秸秆还田的重视，已有很多新的秸秆还田方式出现，比如“秸秆做饲用，过腹还田”、“秸秆做有机肥，腐熟还田”等处理方式，相信会有越来越好的秸秆处理方式。